يُستخدم الاستخلاص بالموجات فوق الصوتية بشكل رئيسي في صناعة العصائر والمشروبات لاستخلاص مكونات فعالة مثل البكتين والأصباغ النباتية. يخترق اهتزاز الموجات فوق الصوتية جدران الخلايا النباتية، مما يسمح للبكتين والأصباغ النباتية والمكونات الأخرى بالتدفق إلى العصير. وفي الوقت نفسه، تعمل الموجات فوق الصوتية على تفريق جزيئات البكتين والأصباغ النباتية إلى جزيئات أصغر، مما يسمح بتوزيعها بشكل أكثر توازناً وثباتاً في العصير. يُعزز ثبات البكتين المستخرج والمكرر بالموجات فوق الصوتية بشكل واضح. كما أن حقنه في العصائر والمشروبات يمنع ترسبه وانفصاله. يصبح لون الأصباغ النباتية المستخرجة والمكررة بالموجات فوق الصوتية أكثر حيوية، مما يُحسّن لون العصائر والمشروبات بشكل ملحوظ.